Verzicht auf Reinigungsmittel
Auch wenn das Ziel der Reinigung das Abtöten von Keimen und Moosen ist, sollte unbedingt auf starke chemische Reiniger verzichtet werden. Selbst Essig ist schädlich für einen Zimmerbrunnen. Die meisten Tischbrunnen leben von ihren glänzenden und schönen Stein- oder Glasschalen. Diese würden matt werden durch starke Reinigungsmittel.
Der Tischbrunnen sollte möglichst nach sechs bis acht Wochen gereinigt und mit lauwarmem Wasser durchgespült werden. Im Sommer muss das etwas häufiger durchgeführt werden. Wenn der Brunnen für eine Weile stillgelegt werden soll, ist vorher alles Wasser zu entfernen und der Brunnen ebenso wie die Schläuche zu reinigen.
Aquarienreiniger
Wenn etwas gegen Moos oder Algen getan werden soll beim Zimmerbrunnen, eignen sich dafür Produkte aus der Aquaristik recht gut. Diese Mittel sind so angelegt, dass auch die Fische im Aquarium die Reinigung überleben. Daher sind diese Produkte auch schonend genug für einen Zimmer- oder Tischbrunnen.
Kalkablagerungen
Wenn der Zimmerbrunnen sich zerlegen lässt, können verkalkte Steine sehr gut in den Gartenteich gelegt werden. Nach wenigen Tagen im Wasser des Teiches löst der Kalk sich vollständig von den Steinen oder Glasschalen ab.